Los combates aéreos son uno de los dos nuevos modos de combate introducidos en la sexta generación. En ellos, se combate únicamente usando Pokémon pertenecientes al tipo Volador o con la habilidad Levitación (esta última obtenible por casi 50 Pokémon hasta la fecha), y los Pokémon aparecerán volando o levitando en medio del aire. A parte de esto, el transcurso del combate será prácticamente igual al de siempre.
Durante el transcurso del juego encontramos a numerosos entrenadores dispuestos a combatir en este nuevo modo. Sin embargo, los combates son opcionales y, lógicamente, no será posible aceptarlos si el entrenador no lleva Pokémon que puedan participar. Cabe destacar que algunos movimientos estarán prohibidos, mientras que los del tipo Tierra no tendrán ningún efecto.
