La lista de Pokémon exclusivos de un juego es uno de los factores determinantes a la hora de elegir una versión u otra ya que la única forma de obtener los Pokémon de la versión contraria es mediante intercambio (aunque algunos de ellos pueden capturarse en el Safari Amistad). A continuación os dejamos la lista de Pokémon exclusivos de X y de Y.
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Exclusivos de Pokémon X
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 Mega-Charizard X
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 Mega-Mewtwo X
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Exclusivos de Pokémon Y
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 Mega-Charizard Y
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 Mega-Mewtwo Y
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