El juego contará con más de 300 niveles, en los cuales nuestro objetivo es rellenar correctamente la ilustración del Pokémon. Al conseguirlo, añadiremos al Pokémon a nuestra colección y podremos usarlo para pasar niveles más fácilmente, además de conseguir también Picrites. Pokémon Picross para 3DS estará disponible en diciembre para su descarga gratuita desde la eShop.